HYPOTEESI
Kattava tieto terveen ihon eri kehon paikoissa esiintyvien solutyyppien runsaudesta ja vaihtelusta paljastaa kehon paikoista riippuvaiset molekyyli- ja solumekanismit fenotyyppisten ja toiminnallisten erojen taustalla, perustiedot kehon kohdasta riippuvaisen ihosairauksien alttiuden paljastamiseksi.
Tausta ja merkitys
Iholla, joka on eri anatomisissa kehon paikoissa ja sukupuolten välillä, on erilainen esiintyvyys ihosairauksien, kuten ihosyövän, kehittymiselle. Esimerkiksi sekä melanooman että ei-melanooman ihosyövän esiintyvyys vaihtelee yleistiheyden, syöpätyypin ja sukupuolen mukaan, mutta syitä ei juurikaan tunneta. Viime aikoina kehitetty yksisoluinen RNA-seq-tekniikka on mahdollistanut kokonaisten nisäkkäiden elinten profiloinnin, ja hiiren iholle tutkimukseni on tuottanut yksityiskohtaisen molekyylikartaston, joka kuvaa 56 erillistä solutyyppiä ja -tiloja sekä solujen eriytymisprosessia. Ihmisen iholle tällaiset yksityiskohtaiset tiedot solutyyppien vaihtelusta yhdessä niiden molekyyliprofiilien kanssa ja siitä, miten ne eroavat anatomisen kehon sijaintien välillä, puuttuvat kuitenkin kokonaan. Tässä projektissa ESR12 hyödyntää laboratorio-asiantuntemustani yksisoluisessa transkriptiossa, laskennallisessa analyysissä ja in situ RNA-FISH :ssä (kaikki perustettu ihoanalyysiä varten) paljastaakseen solutyyppiset spesifiset molekyyli- ja soluerot terveestä ihmisen ihosta eri kehon paikoista.
Tavoitteet
Tavoitteena on tuottaa syvällistä tietoa ihmisen ihon solutyyppisestä vaihtelusta kehon sijainnista riippuen. ESR (1) oppii käytön ja optimoi tarvittaessa nykyisen ihon dissosiaatioprotokollamme ihmisen iholle, joka takaa ihosolutyyppien laajan kattavuuden, (2) oppii laskennallisen yksisoluisen analyysin (rinnakkain 3 kohdan kanssa), (3) tuottaa yksisoluisia transkriptomeja eri terveistä luovuttajien kehon sivustoista, joiden tarkoituksena on profiloida 3 kehon paikkaa kukin 3 naisesta ja 3 miehestä. Huomaa: luovuttajien ja kehon sivustojen N:ää lisätään tarvittaessa (iteratiivinen lähestymistapa), jonka voi tehdä joko ESR (kapasiteetista riippuen) tai ryhmäni tutkijoiden lisäavun avulla, 4) eri kehon paikoissa esiintyvien solutyyppien perusteellinen vertailu ja sukupuolen välinen vaihtelu(5, valinnainen) terveen ihon tietojen vertailu, joka keskittyy tiettyihin solutyyppeihin, esimerkiksi fibroblastit tai immuunisolut, joiden jälkeen saatavilla on yksisoluisia tietokokonaisuuksia muista kuin melanooma-ihosyövistä ja/tai immuunisäädellyistä ihosairauksista.
optimoida biofyysiset määritykset STAT:iden ja pienten molekyylien estäjien välisten vuorovaikutusten havaitsemiseksi;
arvioitava tunnettujen STAT-estäjien vaikutusmekanismeja ja tunnistettava uudet tavoitteet STAT-signalointireitillä;
apu uusien STAT-estäjien tunnistamisessa ja optimoinnissa;
tutkia STAT-estäjien hyödyllisyyttä tulehduksessa ja syövän ehkäisyssä.
Ilmoittautuminen tohtoriksi tai tohtoriksi:
- Karoliininen instituutti