(12) Αποκάλυψη της ποικιλομορφίας του ανθρώπινου δέρματος σε κυτταρικό τύπο σε διακριτά σημεία του σώματος με τη χρήση μονοκυτταρικού RNA-seq.

Το δέρμα σε ευδιάκριτα ανατομικά σημεία του σώματος και μεταξύ των φύλων έχει διαφορετικό επιπολασμό για την ανάπτυξη δερματικών διαταραχών, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του δέρματος. Για παράδειγμα, ο επιπολασμός τόσο του μελανώματος όσο και του καρκίνου του δέρματος εκτός μελανώματος διαφέρει στη συνολική συχνότητα, τον τύπο καρκίνου και ανά φύλο, ωστόσο οι λόγοι πίσω είναι σε μεγάλο βαθμό άγνωστοι. Πρόσφατα προηγμένος στην τεχνολογία RNA-seq ενός κυττάρου κατέστησε δυνατό το προφίλ ολόκληρων οργάνων θηλαστικών, και για το δέρμα του ποντικιού, η έρευνά μου έχει δημιουργήσει έναν λεπτομερή μοριακό άτλαντα που απεικονίζει 56 διαφορετικούς τύπους κυττάρων και καταστάσεις και διαδικασίες κυτταρικής διαφοροποίησης. Ωστόσο, για το ανθρώπινο δέρμα τέτοιες λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με την παραλλαγή των τύπων κυττάρων μαζί με το μοριακό προφίλ τους και πώς αυτές διαφέρουν μεταξύ ανατομικών θέσεων του σώματος, είναι εντελώς ανύπαρκτες. Σε αυτό το έργο, το ESR12 θα χρησιμοποιήσει την τεχνογνωσία των εργαστηρίων μου στη μεταγραφική μονοκύτταρα, την υπολογιστική ανάλυση και το in situ RNA-FISH (όλα καθιερωμένα για ανάλυση δέρματος) για να αποκαλύψουν συγκεκριμένες μοριακές και κυτταρικές διαφορές του υγιούς ανθρώπινου δέρματος από διαφορετικές τοποθεσίες του σώματος.

Ο στόχος είναι να δημιουργηθούν σε βάθος γνώσεις σχετικά με την παραλλαγή κυτταρικού τύπου στο ανθρώπινο δέρμα που εξαρτάται από τη θέση του σώματος. Το ESR θα (1) μάθει τη χρήση και, εάν είναι απαραίτητο, θα βελτιστοποιήσει το τρέχον πρωτόκολλο διαχωρισμού του δέρματος για το ανθρώπινο δέρμα, διαβεβαιώνοντας ευρεία κάλυψη των τύπων κυττάρων του δέρματος, (2) θα μάθει υπολογιστική ανάλυση ενός κυττάρου (παράλληλα με το σημείο 3), (3) θα δημιουργήσει μεταγραφές ενός κυττάρου από διαφορετικές υγιείς θέσεις σώματος δότη με στόχο το προφίλ 3 τόπων σώματος κάθε μία από τις 3 γυναίκες και 3 άνδρες. Σημείωση: το Ν των δοτών και των τόπων του σώματος θα αυξηθεί εάν είναι απαραίτητο (επαναληπτική προσέγγιση), κάτι που μπορεί να γίνει είτε από το ESR (ανάλογα με την ικανότητα) είτε μέσω πρόσθετης βοήθειας από τον ερευνητή (ες) στην ομάδα μου, (4) σε βάθος σύγκριση των τύπων κυττάρων που υπάρχουν σε διαφορετικές τοποθεσίες του σώματος, και διακύμανση μεταξύ φύλου, (5, προαιρετική) σύγκριση δεδομένων από υγιές δέρμα επικεντρωμένο σε συγκεκριμένους τύπους κυττάρων, π.χ. ινοβλάστες ή κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος, με στη συνέχεια διαθέσιμα σύνολα δεδομένων ενός κυττάρου από μη μελανώματα καρκίνους του δέρματος ή/και διαταραχές του δέρματος που ρυθμίζονται από το ανοσοποιητικό.

• Ινστιτούτο Καρολινσκα