HYPOTHÈSE
Une connaissance approfondie de l'abondance et de la variation des types de cellules présentes à différents endroits du corps dans une peau saine permettra de dévoiler les mécanismes moléculaires et cellulaires qui sous-tendent les différences phénotypiques et fonctionnelles, des connaissances fondamentales pour découvrir la susceptibilité aux maladies de la peau en fonction du site.
Contexte et importance
La prévalence des troubles cutanés, dont le cancer de la peau, varie selon les sites anatomiques du corps et le sexe. Par exemple, la prévalence du mélanome et du cancer de la peau sans mélanome diffère en termes de fréquence globale, de type de cancer et de sexe, mais les raisons de ces différences restent largement inconnues. Les récents progrès de la technologie ARN-seq unicellulaire ont permis de dresser le profil d'organes entiers de mammifères. Pour la peau de la souris, mes recherches ont généré un atlas moléculaire détaillé décrivant 56 types et états cellulaires distincts, ainsi que les processus de différenciation cellulaire. Cependant, pour la peau humaine, des informations aussi détaillées sur la variation des types de cellules et de leurs profils moléculaires, ainsi que sur la manière dont ils diffèrent selon la localisation anatomique du corps, font totalement défaut. Dans ce projet, l'ESR12 utilisera l'expertise de mon laboratoire en matière de transcriptomique unicellulaire, d'analyse computationnelle et d'ARN-FISH in situ (tous établis pour l'analyse de la peau) pour révéler les différences moléculaires et cellulaires spécifiques des types de cellules de la peau humaine saine provenant de différents sites corporels.
Objectifs
L'objectif est de générer des connaissances approfondies sur la variation des types de cellules dans la peau humaine en fonction de la localisation du corps. L'ESR (1) apprendra à utiliser et, si nécessaire, à optimiser notre protocole actuel de dissociation de la peau pour la peau humaine en assurant une large couverture des types de cellules de la peau, (2) apprendra l'analyse computationnelle unicellulaire (en parallèle avec le point 3), (3) générera des transcriptomes unicellulaires à partir de différents sites corporels de donneurs sains en vue de profiler 3 sites corporels de 3 femmes et 3 hommes chacun. Remarque : le nombre de donneurs et de sites corporels sera augmenté si nécessaire (approche itérative), ce qui peut être fait soit par l'ESR (en fonction de la capacité), soit par l'aide supplémentaire d'un ou de plusieurs chercheurs de mon groupe, (4) comparaison approfondie des types de cellules présentes sur différents sites corporels et variation entre les sexes, (5, facultatif) comparaison des données de la peau saine axée sur des types de cellules spécifiques, par exemple les fibroblastes ou les cellules immunitaires, avec les ensembles de données unicellulaires disponibles pour les cancers de la peau sans mélanome et/ou les troubles cutanés à régulation immunitaire.
optimiser les essais biophysiques pour détecter les interactions entre les STATs et les inhibiteurs de petites molécules ;
évaluer les mécanismes d'action des inhibiteurs de STAT connus et identifier de nouvelles cibles dans la voie de signalisation STAT ;
aider à l'identification et à l'optimisation de nouveaux inhibiteurs de STAT ;
explorer l'utilité des inhibiteurs de STAT dans l'inflammation et la prévention du cancer.
Inscription au(x) diplôme(s) de doctorat :
- Institut Karolinska