IPOTESI
L'analisi topologica dei dati ci permette di individuare i geni che giocano un ruolo importante nello sviluppo del cancro al seno e alla pelle e che sono controllati ormonalmente, in base alla loro espressione ciclica durante il ciclo mestruale, in funzione delle variazioni individuali e della manipolazione genetica o ormonale / farmacologica delle cellule.
Sfondo e significato
Durante il ciclo mestruale di una donna, le variazioni nella quantità di certi ormoni nel suo sangue portano a variazioni nella misura in cui alcuni dei suoi geni sono attivati. Applicheremo gli strumenti della topologia - la matematica della forma - per descrivere precisamente questa attivazione ciclica dei geni, in particolare per i geni legati allo sviluppo del cancro al seno.
Obiettivi
Sviluppare uno strumento di analisi dei dati topologici che rileva il comportamento ciclico in serie temporali di dati di nuvole di punti;
Sviluppare il software che implementa questi metodi;
Applicare il software ai dati RNAseq da >300 campioni di tessuto mammario normale da donne in premenopausa nella Biobank del laboratorio Brisken e identificare i geni bersaglio della segnalazione ER, PR e AR nel seno umano in base alla loro espressione ciclica durante il ciclo mestruale;
Applicare il software ai dati RNAseq da cheratinociti primari e fibroblasti dermici di > 100 individui di diverse origini rispetto a ceppi multipli delle stesse cellule in vari momenti di attività AR aumentata e soppressa.
Iscrizione al/ai dottorato/i:
- Istituto Federale Svizzero di Tecnologia