HYPOTHESE

Die topologische Datenanalyse ermöglicht es uns, Gene aufzuspüren, die bei der Entstehung von Brust- und Hautkrebs eine wichtige Rolle spielen und die aufgrund ihrer zyklischen Expression während des Menstruationszyklus, in Abhängigkeit von individuellen Variationen und genetischen oder hormonellen/pharmakologischen Manipulationen der Zellen hormonell gesteuert werden.

Hintergrund und Bedeutung

Während des Menstruationszyklus einer Frau führen Schwankungen in der Menge bestimmter Hormone in ihrem Blut zu Schwankungen im Ausmaß der Aktivierung bestimmter Gene. Wir werden die Werkzeuge der Topologie - die Mathematik der Form - anwenden, um genau diese zyklische Genaktivierung zu beschreiben, insbesondere bei Genen, die mit der Entwicklung von Brustkrebs in Verbindung stehen.

Zielsetzungen

Entwicklung eines Tools zur Analyse topologischer Daten, das zyklisches Verhalten in Zeitreihen von Punktwolkendaten erkennt;

Entwicklung von Software zur Umsetzung dieser Methoden;

Anwendung der Software auf RNAseq-Daten von >300 normalen Brustgewebeproben prämenopausaler Frauen aus der Biobank des Brisken-Labors und Identifizierung von Zielgenen der ER-, PR- und AR-Signalübertragung in der menschlichen Brust auf der Grundlage ihrer zyklischen Expression während des Menstruationszyklus;

Wenden Sie die Software auf RNAseq-Daten von primären Keratinozyten und dermalen Fibroblasten von > 100 Individuen verschiedener Abstammung im Vergleich zu mehreren Stämmen der gleichen Zellen zu verschiedenen Zeiten erhöhter und unterdrückter AR-Aktivität an.

Immatrikulation in Doktoratsstudium(en):

  • Schweizerische Eidgenössische Technische Hochschule